مرحله اول: دروس عمومی وعلوم پایه

در این مقطع دانشجو در پنج ترم متوالی با دروس عمومی و اختصاصی آشنا می گردد.در واقع در این مرحله دانشجویان با علوم پایه آشنا می شوند که پایه و اساس علوم بالینی را تشکیل می دهند و بسیاری از تحقیقات و پژوهشهایی که باعث پیشرفت در علوم پزشکی می شود بر اساس همین علوم پایه استوار است.برخی از دروس در این مقطع دو بخش نظری و عملی دارند.

در پایان مرحله اول امتحان جامع علوم پایه برگزار می گردد ،قبولی در امتحان جامع شرط ورود به دوره بعدی می باشد.شرط شرکت در امتحان جامع علوم پایه قبولی در کلیه درسهای مرحله اول و کسب میانگین 12 از این مرحله است.با این حال در شرایطی که دانشجو تنها یک درس عمومی باقیمانده داشته باشد می تواند در امتحان جامع علوم پایه شرکت کند و در صورت قبولی ،درس باقیمانده را در دوره بعدی بگذراند. بدیهی است نمره این درس درمیانگین مرحله دوم محاسبه خواهد شد.
 شرکت در امتحان جامع علوم پایه حداکثر تا سه نوبت مجاز است.چنانچه دانشجو در امتحان مزبور نمره قبولی کسب نکند از ادامه تحصیل در دوره دکتری عمومی پزشکی محروم می شود.

مرحله دوم:  فیزیو پاتولوژی

مرحله دوم که مرحله نشانه شناسی و فیزیو پاتولوژی است یکسال بطول می انجامد و در آن دانشجویان با بیماریها و تظاهرات آنها آشنا می شوند.همچنین نحوه برخورد با بیمار ،گرفتن شرح حال و انجام معاینات بالینی را می آموزند.

مرحله سوم : کارآموزی بالینی
 
در این مرحله دانشجویان با حضور در بخشهای بیمارستانی آموزش دیده و مهارتهای عملی را کسب می کنند.دانشجویان در این مرحله در کلیه دروس باید نمره بالای 12 را کسب کنند ،ضمناً معدل این مرحله نباید کمتر از 14 باشد در غیر اینصورت لازم است بعضی از دروس مجدداً گذرانده شود تا معدل به بالای 14 برسد.
در پایان مرحله سوم آزمون جامع پیش کارورزیبرگزار می شودو قبولی در این مرحله شرط ورود به دوره کارورزی است .این آزمون که قبل از شروع دوره کارورزی برگزار می شود ،دو بار در سال و به صورت سراسری در تمام دانشگاه های کشور به طور همزمان اجرا می شود و سوالات آن از تمام دروس مرحله دوم و سوم می باسد.
شرط شرکت در آزمون جامع پیش کارورزی ،قبولی در کلیه درسها و بخشهای مرحله کارآموزی بالینی ،کسب میانگین کل 14 از مرحله سوم و ثبت موضوع پایان نامه می باشد.
چنانچه دانشجو موضوع پایان نامه خود را به ثبت نرساند از معرفی وی به امتحان پیش کارورزی جلو گیری می گردد.
شرکت در امتحان پیش کارورزی حداکثر تا سه نوبت مجاز است.

مرحله چهارم:کارورزی
در این مرحله که در واقع آخرین مرحله از آموزش پزشکی است،دانشجویی که تمام آموزشهای نظری و عملی را دیده است و درآزمون جامع پیش کارورزی شرکت کرده و قبول شده ،مدت 5/1 سال به کسب مهارت و تجربه می پردازد.
طول دوره کارورزی 18 ماه می باشد و گذراندن 17 ماه کارورزی طبق برنامه مصوب برای کارورزان الزامیست.دانشجو در طول دوره کارورزی می تواند از یک ماه مرخصی استفاده نماید.